驱动系统是水切割机的动力来源，会直接关系到设备的切割能力，就目前来说大部分水切割机采用的都是以伺服驱动系统为主的驱动系统，当然也有的设备上会使用步进驱动系统。水切割机到底是用哪一种驱动系统好呢？还得深入研究一番。
对于水切割机而言，用伺服驱动系统和用步进驱动系统有明显的差别，这种差别首先将体现在控制精度上。由于步进电机是数字控制系统中一个执行元件，因此它可以将脉冲电信号变换为相应的角位移，而且角位移量与脉冲数成正比，转速与脉冲频率成正比，使其可以在很宽的范围内通过改变脉冲频率来调速。
而伺服电机是将控制电信号快速地转换为转轴转动的一个执行文件，若控制电信号为一旦加到电动机上，伺服电机就要立刻带动负载以一定的转速转动。可见它的控制精度是由电机轴后端的旋转编码器保证，所以要比步进电机的控制精度高得多。
其次，这两种驱动系统的低频特性和矩频特性也都不同，从步进电机的工作原理来看，它的低频振动现象对水切割机的正常运行是非常不利的。而交流伺服电机却不存在这样的问题，可以保证水切割机运转的平稳性。
另外，由于步进电机不具有过载能力，而交流伺服电机具有较强的过载能力，所以还是建议在水切割机上采用伺服驱动系统，可用于克服惯性负载在启动瞬间的惯性力矩。